In de procedure wordt onderscheid gemaakt tussen een ontvangst-, een onderzoek- en een adviesfase.

Ontvangstfase

De Restitutiecommissie stelt de verzoeker om restitutie en de RCE (ook wel partijen genoemd) schriftelijk op de hoogte van de ontvangst van het adviesverzoek van de RCE.
De Restitutiecommissie zal nagaan of duidelijk is namens wie de verzoeker optreedt en wat diens relatie is tot de oorspronkelijke eigenaar van het geclaimde object. Van belang is of de verzoeker behoort tot de kring van rechthebbenden/erfgenamen van die oorspronkelijke eigenaar. Indien de minister besluit tot restitutie, zoekt een notaris uit wie alle rechthebbenden zijn.
Vervolgens wordt aan partijen een brief gestuurd waarin de procedure van de commissie wordt beschreven. Eventuele vragen van de commissie worden daarbij voorgelegd aan partijen.

Onderzoekfase en feitenoverzicht

De Restitutiecommissie kan opdracht geven aan het Expertisecentrum Tweede Wereldoorlog en Restitutieverzoeken (het Expertisecentrum) voor een onderzoek naar de relevante historische feiten. Dit zal in vrijwel alle zaken nodig zijn. In de onderzoekfase inventariseert het Expertisecentrum allereerst de door partijen meegezonden informatie. Vaak blijkt dan nader (kunst)historisch onderzoek noodzakelijk om de voor advisering relevante vragen te kunnen beantwoorden. Dit betreft onderzoek in diverse archieven in binnen- en buitenland. Van belang zijn gegevens over de oorspronkelijke eigendomssituatie, de aard en omstandigheden van het bezitsverlies en de afhandeling van een eventueel na de oorlog ingediend verzoek om restitutie.
De tijdens de onderzoeksfase verzamelde relevante gegevens worden opgetekend in een feitenoverzicht dat naar partijen wordt gezonden voor feitelijke aanvulling. Nadat deze aanvullingen zijn verwerkt, stuurt het Expertisecentrum het Feitenoverzicht naar de Restitutiecommissie.

Adviesfase

De commissie stelt partijen in de gelegenheid te reageren op het Feitenoverzicht en hun standpunten naar voren te brengen. Hierna kan aanleiding zijn voor het houden van een mondelinge behandeling. Ook kan de commissie het Expertisecentrum vragen nader onderzoek te doen, indien dit nodig is voor het uitbrengen van het advies. De commissie beraadt zich tijdens één of meerdere vergaderingen over de motivering en inhoud van het advies. Na vaststelling wordt het advies ondertekend door de voorzitter en de secretaris. Vervolgens wordt het advies verzonden naar de RCE, waarna de minister van OCW een beslissing op het restitutieverzoek zal nemen. De commissie stelt de verzoeker op de hoogte van het feit dat het advies is uitgebracht, waarbij wordt gemeld dat de inhoud van het advies door de RCE aan de verzoeker bekend zal worden gemaakt. De RCE informeert de verzoeker binnen zes weken na ontvangst van het advies over zijn beslissing en de inhoud van het advies.

Taal

De voertaal van de commissie is het Nederlands en zij correspondeert met buitenlandse verzoekers tevens in het Engels.

Duur van de procedure

De behandelduur van de procedure kan per zaak sterk variëren. De behandelduur kan langer zijn als het historisch onderzoek tijdrovend is, bijvoorbeeld vanwege de omvang van het restitutieverzoek. Ook procedurele redenen kunnen sterk bijdragen aan een langere behandelduur, bijvoorbeeld wanneer sprake is van meerdere claims op één kunstwerk. Het kan daarom voorkomen dat er twee of zelfs meer jaren liggen tussen het moment waarop een verzoek in behandeling wordt genomen en het moment waarop het advies wordt uitgebracht.

Openbaarmaking van het advies en vertrouwelijkheid van gegevens

Nadat de RCE de beslissing op het restitutieverzoek en het advies van de commissie aan verzoeker heeft gestuurd, wordt het advies gepubliceerd op de website van de commissie en in het jaarverslag, met weglating van persoonsgegevens. Het feitenoverzicht wordt niet openbaar gemaakt. Voor het onderzoek naar gegevens in niet-openbare archieven wordt de verzoeker om toestemming gevraagd. De commissie gaat zorgvuldig om met vertrouwelijke gegevens.